Antes da chegada dos portugueses, a região era habitada pelos índios carijós. 18 pescadores portugueses náufragos chegaram na região por volta de 1758, vindos de São Francisco do Sul. Alguns desses desbravadores se fixam no pedaço de terra do litoral catarinense que mais avança pelo mar, ao qual chamam Ponta do Itapocorói.
Lá, os pescadores viviam da caça de baleia. Em 1777, os pescadores fundaram uma armação de baleias, a armação do Itapocorói, que daria origem à Penha e Piçarras. Aos poucos, moradores que já se espalham ao longo da costa passam a ser visitados com mais frequência por comerciantes do Rio de Janeiro. Os produtos derivados da baleia eram negociados em Armação. A forte economia atraiu outras famílias para a região. As pessoas que povoaram a região vieram principalmente de São Paulo e da Ilha de Nossa Senhora da Graça, em São Francisco do Sul.
Com a extinção progressiva da baleia, muda o panorama econômico e político da região e os distritos em torno de Armação vão aos poucos se emancipando.
Em 1839, a região que viria a ser Piçarras passou a fazer parte da freguesia da Penha, subordinada a São Francisco do Sul. Em 1860, Penha se torna um distrito de Itajaí. A emancipação política de Penha vem em 1958 e, na mesma época, Piçarras inicia um movimento para emancipar-se. A instalação da sede do novo município acontece em 14 de dezembro de 1963. Francisco Fleith assume a Prefeitura iniciando assim o município de Piçarras.
O nome Piçarras tem origem no “piçarro”, sedimento argiloso abundante no subsolo do município.
Em 4 de abril de 2004, a população decidiu, por meio de um plebiscito, acrescentar o termo “balneário” ao nome da cidade. A votação foi apertada, passando com 54,76% dos votos. De acordo com os defensores da proposta, aumentaria a visibilidade turística da cidade.
De acordo com o Censo Demográfico de 2022, Balneário Piçarras foi uma das 20 cidades de Santa Catarina que mais registrou aumento populacional, de 58,84% se comparado ao último censo. O crescimento demográfico veio junto com o aumento do turismo no município. De acordo com o IBGE, Balneário Piçarras foi o quarto município que o PIB mais cresceu em Santa Catarina, se comparado ao último censo. Nesta época, também foi registrado o aumento na valorização imobiliária.